１．機能が期待通りに動作するかを調べて見るために、コメント内の改行を削除してみましたが、エラーになりません。どうしてですか？ 仕様です。サーバによって改行コードが異なるため、改行コードはチェック対象に入っていません。 ２．「<?php〜?>」のブロックが複数あるのは嫌いなので一つにまとめたら、著作権表示を編集したと見なされて、エラーになります。 仕様です。著作権表示を編集削除できないようにする機能を御利用の場合は、著作権表示のための文章はもちろん、それを囲む「<?php」「?>」も編集しないで下さい。 ３．ライブラリーを配布する際に、著作権表示を消されないようにしたいと思って、この機能を利用してみたのに、期待通りに動作しません。 こちらのマニュアルにもありますように、他のファイルからrequire（or include）されている外部ファイル（ライブラリー）を難読化する際に、このオプションを御利用の場合は、御注意ください。ここで入力された著作権表示は、外部ファイルの頭にではなく、その外部ファイルを読み込んでいるPHPプログラムの頭に入れないといけません（あるいは、お客様のクライアント様に入れてもらわないといけません）。 ステップ１のファイル選択画面で、左のような「ライブラリーである旨」のチェックボックスにチェックを入れていただくと、それ用にPHPソースを出力しますので、外部ファイルの場合はステップ１でチェックを入れてください。そうすれば、ご質問のようなトラブルは起こらないはずです。 なお、もちろん、外部ファイルの頭に同様の著作権表示を入れられてもいいですが、こちらは編集削除が自由に出来てしまいますから、その点はご了解ください。 ▲   ４．ソース内の著作権表示（コメント）を削除されたくないという目的で使用したいのですが、そのためだけにPHPソース全体を難読化するのは、仰々しくて嫌です。何とかなりませんか？ こちらをご参照ください。 ▲