仕様です。著作権表示を編集削除できないようにする機能を御利用の場合は、著作権表示のための文章はもちろん、それを囲む「<?php」「?>」も編集しないで下さい。
こちらのマニュアルにもありますように、他のファイルからrequire(or include)されている外部ファイル(ライブラリー)を難読化する際に、このオプションを御利用の場合は、御注意ください。
ここで入力された著作権表示は、外部ファイルの頭にではなく、その外部ファイルを読み込んでいるPHPプログラムの頭に入れないといけません(あるいは、お客様のクライアント様に入れてもらわないといけません)。

ステップ1のファイル選択画面で、左のような「ライブラリーである旨」のチェックボックスにチェックを入れていただくと、それ用にPHPソースを出力しますので、外部ファイルの場合はステップ1でチェックを入れてください。そうすれば、ご質問のようなトラブルは起こらないはずです。
なお、もちろん、外部ファイルの頭に同様の著作権表示を入れられてもいいですが、こちらは編集削除が自由に出来てしまいますから、その点はご了解ください。